Coronavirus 2: dettagli e aggiornamenti

Dopo una settimana dal primo articolo torniamo a parlare del nuovo coronavirus cinese.


IL GENOMA E L'ORIGINE ANIMALE


Con l'exploit dei casi mondiali è iniziata la corsa dei laboratori per trovare la sequenza genomica del virus. Come spiegavo nel precedente articolo conoscere il genoma di un patogeno è estremamente importante: permette di trovare tutte le chiavi a sua disposizione per infettare le cellule, capire dove può mutare per diventare più pericoloso, ma permette anche di trovare le sue "serrature" per sconfiggerlo.
Nel caso del coronavirus si tratta di una sequenza di RNA. Benché tutti noi abbiamo più familiarità col DNA (basti pensare a tutti i casi forensi in cui se ne parla), l'RNA è una versione "diversa" del DNA dove una delle 4 lettere -chiamate nucleotidi-, la timina (T) è sostituita da un'altra cioè l'uracile (U).
Normalmente nelle cellule l'RNA svolge svariate funzioni e deriva direttamente da un processo (chiamato trascrizione), la funzione più nota dell'RNA è quello di essere un "intermedio" fra DNA e proteine. Sulla trascrizione, la regolazione e le funzioni dell'RNA nelle cellule ci sono interi capitoli di svariati esami universitari e quindi non approfondisco la questione.
Come per il DNA anche l'RNA ha una struttura ad elica, ma mentre il primo si trova comunemente (tranne in rarissimi casi) come doppia elica -quindi due eliche attorcigliate specularmente una sull'altra- le eliche del secondo è più facile trovarle singole. Tuttavia l'RNA è molto fragile da un punto di vista chimico e basta poco perché si degradi. Se nelle cellule questo è sopperito da un continuo ricambio, in altre condizioni necessita quindi di strutture che lo proteggano. In tal senso i virus rappresentano una ottima possibilità: le strutture esterne che li costituiscono sono spesso impermeabili alla maggior parte delle condizioni naturali che potrebbero permettere la degradazione del RNA e per questo l'eliminazione dei virus può risultare complicata.
Ritorniamo quindi al nostro virus. Il 2019-nCoV è un virus a RNA a singolo filamento, quindi una struttura molto fragile che per rimanere intatta deve essere maneggiata con estrema cura da personale esperto. Tuttavia moltissimi laboratori al giorno d'oggi riescono a maneggiarlo e quindi in poco tempo si è riusciti a ricavare la sua sequenza, cioè il proseguirsi dei nucleotidi (A-C-G-U).
Quello che si è visto è una forte somiglianza (più dell'87% della sequenza) con due coronavirus tipici dei pipistrelli, confermando la probabile origine evolutiva di questo virus da questi mammiferi alati. I ricercatori hanno analizzato anche la somiglianza con altri due coronavirus mortali umani: la SARS e la MERS. Con il primo virus pandemico hanno trovato una forte somiglianza (circa del 79%) mentre con il secondo una bassa somiglianza (meno del 50%). Queste analisi servono per due motivi: il primo è che essendo virus già conosciuti e combattuti capire a cosa è simile ci permette di agire meglio per combatterlo, il secondo è capire il cosiddetto ospite intermedio. Sappiamo infatti che con ogni probabilità questo virus è stato originariamente trasmesso da qualche animale all'uomo: risulta però improbabile che siano stati i pipistrelli il vettore originario per l'essere umano; è stato quindi necessario un animale "intermedio" con una familiarità ed un contatto con l'essere umano più alto: individuarlo ci permetterà di scovare questo serbatoio di virus, capirne la storia e controllarne eventuali nuove diffusioni (nel caso della SARS erano probabilmente i zibetti mascherati delle palme, mentre per la MERS dromedari e cammelli).
Il salto di un microrganismo da animale all'uomo (o meglio da una specie animale a un'altra) si chiama tecnicamente spillover. Lo spillover è un fenomeno molto comune in natura e ce ne sono migliaia (anche la semplice influenza stagionale spesso parte da uno spillover) ogni anno. Questo avviene molto più spesso nei virus rispetto ad altri microrganismi in quanto riescono a mutare, ricombinare, incrociarsi molto più facilmente.
Una indagine genetica preliminare sembra indicare il possibile passaggio del virus attraverso i serpenti. I ricercatori hanno utilizzato informatica delle proteine del nuovo coronavirus e lo hanno confrontato con quelle dei coronavirus trovati in diversi ospiti di animali, come uccelli, serpenti, marmotte, ricci, pipistrelli e umani. Sorprendentemente, hanno scoperto che i codici proteici nel 2019-nCoV sono più simili a quelli utilizzati nei serpenti.
I serpenti cacciano spesso i pipistrelli in natura. I rapporti indicano che i serpenti sono stati venduti nel mercato locale di Wuhan, aumentando la possibilità che il virus possa essere passato dalle specie ospiti -i pipistrelli- ai serpenti e quindi agli umani all'inizio dello scoppio di questa epidemia. Tuttavia, il modo in cui il virus potrebbe adattarsi sia agli ospiti a sangue freddo che a quelli a sangue caldo rimane un mistero e questa origine è contestata da alcuni ricercatori. Gli autori del rapporto e altri ricercatori devono verificare l'origine del virus attraverso esperimenti di laboratorio. La ricerca della sequenza 2019-nCoV nei serpenti sarebbe la prima cosa da fare. Per confermare l'origine del virus è necessario il campionamento del DNA da animali venduti al mercato e da serpenti e pipistrelli selvatici. Tuttavia, il mercato è stato disinfettato e chiuso, il che rende difficile rintracciare l'animale di origine del nuovo virus.


LA STRUTTURA DEL CORONAVIRUS


Come dicevo anche nell'altro post, il nome coronavirus deriva dall'aspetto che si vede al microscopio, che sembra una pallina circondata da una corona a punte.
Ma come è fatta?
Partiamo dall'interno: la parte più interna è appunto il genoma, l'RNA è protetto da una proteina, chiamata proteina N. La proteina ​​N sono fosfoproteine ​​che sono in grado di legarsi all'elica di RNA e ha una struttura flessibile adatta al genoma virale. Svolge un ruolo importante nella struttura del virione, nella replicazione e nella trascrizione dei coronavirus. Questa proteina nel nuovo coronavirus è simile al 90.3% a quella della SARS.
Più esternamente c'è una capsula lipidica (cioè grassi) costituita da fosfolipidi -come quelli che costituiscono l'esterno delle nostre cellule- dove si "incastrano" altre proteine di interesse. Queste sono le glicoproteine S, M ed E. Le glicoproteine sono costituite da una parte fatta di zuccheri (la glico-) che serve ad agganciarsi meglio ai grassi esterni e una parte fatta da amminoacidi (proteica) che protende verso l'esterno.
- Glicoproteine S: ​​si trovano all'esterno del virus e gli danno la forma tipica appunto a corona. Le proteine ​​S formano degli agglomerati a tre, detti omotrimeri, che consentono la formazione di morfologie simili ad un sole che danno il nome alla famiglia Coronaviridiae. Le proteine ​​S si legano alla membrana e interagiscono anche con le glicoproteine ​​M. Le proteine S servono al virus come primo aggancio alle cellule, ma soprattutto sono quelle che scatenano la risposta immunitaria che da generalmente febbre e altri sintomi tipici della malattia. Tra le varie proteine del 2019-nCoV è tra quelle più differenti rispetto alla SARS, con una somiglianza del 76.2%.
- Glicoproteine M: sono delle proteine fondamentali per varie ragioni. Una reazione biochimica cellulare (che quindi prevede un ruolo attivo delle nostre cellule), detta glicolisazione, fa sì che queste proteine avviino la formazione di nuove particelle virali che potranno quindi uscire dalla cellula. La glicoproteina M è inoltre fondamentale nella possibile risposta immunitaria a lungo termine attraverso la formazione di anticorpi specifici. Rispetto alla SARS ha una somiglianza del 90.1%.
- Glicoproteine ​​E: sono piccole proteine ​​composte da 76 a 109 aminoacidi. Le proteine ​​E consentono (assieme alle proteine S) l'attaccamento dei virus alla membrana cellulare e, in particolare, fanno si che la membrana lipidica esterna del virus si fonda con quella cellulare permettendo l'ingresso nell'organismo del genoma virale e l'avvio del ciclo replicativo. È fra tutte la proteina più simile a quella della SARS (94.7%) suggerendo un metodo di entrata nella cellula simile.
Le somiglianze tra SARS e il nuovo Coronavirus fanno pensare che questo usi la stessa "chiave" per entrare nelle cellule: cioè il recettore per l'angiotensina2. Questa molecola (l'angiotensina2) serve a regolare la pressione sanguigna, ma non è detto che l'infezione da questo virus possa modificare in alcun modo la regolazione della pressione del sangue.
Esistono poi un sacco di altre proteine (come in alcuni casi l'emoagluttinasi HE) che però non sono sempre espresse e che possono avere funzioni minori.


SPARIAMO UN PO' DI NUMERI


Secondo i dati dell'Organizzazione Mondiale della Sanità aggiornati al 29 gennaio i casi globali sarebbero 7818 con 170 morti e 1370 casi gravi.
Per caso grave si intende una persona malata che deve essere ricoverata in terapia intensiva o in rianimazione e che quindi necessita di interventi esterni importanti per garantirne la sopravvivenza.
La maggior parte delle persone colpite sono di mezza età o anziane (età media dei colpiti è di 59 anni), così come i casi gravi (attualmente il morto più giovane è un ragazzo di 36 anni con altre malattie già in essere), non si registrano casi gravi al di sotto dei 15 anni e l'80% dei morti circa fin'ora presentava altre malattie concomitanti.
A guardare altri dati ufficiali raccolti dalla Johns Hopkins University i casi al 30 gennaio sarebbero 9776 con 213 morti, in questi ci sono anche i due casi confermati dal Ministero della Salute in Italia, e 23 Paesi colpiti nel mondo. A questi andrebbero aggiunti almeno 2 casi nel Regno Unito con 24 paesi colpiti.
La letalità della malattia (cioè il numero di persone morte fra le ammalate) si attesterebbe quindi fra il 2 e il 2.5%, dato addirittura in abbassamento rispetto ai primi dati che parlavano di un 3% circa.
Sul sito worldmeters.info trovate comunque tutti i dati in dettaglio più aggiornati.
Sicuramente questi dati sono limitati, ormai è dimostrato un tempo di incubazione (quindi il tempo che si ha fra l'infezione e la manifestazione dei sintomi) che secondo le stime varia da 2 a 10 giorni. Si sospettano poi vari casi asintomatici e sembra abbastanza probabile la trasmissione del virus anche da parte di persone prive di sintomi clinici.
Questo fatto è potenzialmente grave, il fattore di infettività della malattia finora è contenuto e non particolarmente elevato rispetto al molte malattie a trasmissione aerea. Questo fattore si chiama R0 ed individua il numero di persone che ogni infetto può contagiare. Attualmente le stime dell'OMS parlano di un fattore R0 tra 1.4 e 2.5, cioè una persona infetta può arrivare a contagiare più di 2 persone a sua volta. Alcune altre stime parlano di un fattore R0 di 3.8, ma questo valore potrebbe diventare anche più alto se confermato che persone asintomatiche siano in grado di diffondere la malattia.
Questi dati ufficiali sono sicuramente più bassi rispetto a quelli reali: la malattia molto spesso causa sintomi lievi e può essere scambiata per una forte influenza. Questo, pur abbassando probabilmente la mortalità relativa all'infezione, ne rende più difficile il contenimento. Tra la psicosi e il numero di malati reali, sistemi sanitari non attrezzatissimi potrebbero collassare a causa di ospedali intasati, se il trend fosse confermato, tra il 10% e il 15% richiederebbe una ospedalizzazione forzata diminuendo fortemente le capacità delle terapie intensive. Una stima della Hong-Kong University parla di 44000 possibili casi, tuttavia non è un dato certo ed è bene fondarsi su quelli ufficiali.
C'è da aspettarsi una diffusione maggiore del virus, la quarantena è il metodo di contenimento migliore, tuttavia i virus possono diffondersi attraverso la globalizzazione.


CHE FARE?


Don't panic!
L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha dichiarato il 2019-nCoV una "Emergenza Globale" aprendo di fatto la strada a misure molto stringenti in fatto di contenimento.
Teniamoci aggiornati, senza però allarmarci. La situazione è pompata dai media, ma i numeri sulla gravità della patologia sono dalla nostra parte. Per evitare di intasare i prontosoccorsi e ospedali, evitate di recarvici solo se avete febbre e/o tosse, ricordo che al momento i casi al di fuori della Cina o erano viaggiatori provenienti da quel Paese o persone che ne sono state a stretto contatto per almeno un giorno intero.
Alcune norme di prevenzioni generali, valide per tutte le malattie a trasmissione aerea:
- Lavarsi spesso le mani con acqua e sapone
- Evitare di toccarsi gli occhi con le mani non lavate
- Usare fazzoletti usa e getta e gettarli il prima possibile
- Tossire sul gomito per evitare che i germi possano arrivare sulle mani che poi li diffondono più facilmente
- Vaccinarsi contro l'influenza stagionale (soprattutto se si viaggia verso paesi orientali), questo è da sottolineare non protegge dal coronavirus, ma -visto i sintomi simili simili- aiuta la diagnosi differenziale
- Evitare luoghi affollati e con poco ricambio d'aria se si ha febbre o tosse.
Non c'è da avere paura dei cinesi! Se non sono stati in Cina di recente (cioè sono in Italia da più di 15 giorni) è molto improbabile che siano infatti, nessuna discriminazione quindi.
Andate tranquillamente in negozi o ristoranti cinesi e aprite i pacchi che vi arrivano senza problemi. Evitate viaggi in Cina e consultate il sito viaggiaresicuri.it per avere informazioni sui paesi sconsigliati. Nel caso si sospettasse di avere contratto il coronavirus prima di recarsi in ospedale chiamare il numero verde 1500 del Ministero della Salute, vi indicherà cosa fare e come comportarvi.


Questo nuovo virus non è la "nuova peste" e difficilmente ci sterminerà tutti, tuttavia non è nemmeno una nuova influenza stagionale. Può avere implicazioni sociali e sanitarie importanti se non ci muoviamo correttamente. Avere il giusto atteggiamento risulta fondamentale: la tranquillità e la razionalità bloccano di più il virus di quanto si possa credere, mentre la fobia e il panico rischiano solo di fare "il suo gioco".

FONTI
https://unaricercadice.blogspot.com/2020/01/anno-nuovo-nuova-pandemia.html
https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports/
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30251-8/fulltext
https://www.thelancet.com/pdfs/journals/lancet/PIIS0140-6736(20)30154-9.pdf
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30251-8/fulltext#seccestitle170
https://www.elsevier.com/connect/coronavirus-information-center
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001316
https://www.scientificamerican.com/article/snakes-could-be-the-original-source-of-the-new-coronavirus-outbreak-in-china/
cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/about/index.html
en.nhc.gov.cn/index.html
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.22.914952v2
https://www.epicentro.iss.it/coronavirus/aggiornamenti
https://www.ecdc.europa.eu/en/novel-coronavirus-china
https://www.the-scientist.com/news-opinion/where-coronaviruses-come-from-67011
https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4684-1280-2_4
news.rthk.hk/rthk/en/component/k2/1505090-20200127.htm?fbclid=IwAR0e0CciSz26xZiWBOCkBDD7bUH30WfInBos-W4rTK9gMos2tBim3-TlOOA
https://www.medicalfacts.it/2020/01/25/coronavirus-persone-senza-sintomo-febbre/
https://www.medicalfacts.it/2020/01/30/coronavirus-nessun-caso-grave-finora-fra-i-bambini/
https://www.medicalfacts.it/2020/01/30/coronavirus-aspetti-clinici-infezione/

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